Как видно из истории развития UNIX систем, в ней прослеживаются две основные ветви: ветвь AT&T и ветвь BSD, к последней, что видно из самого названия, принадлежит FreeBSD.

История развития проекта FreeBSD началась в начале 1993 года, частично как ответвление "Unofficial 386BSD Patchkit" (неофициальный корректирующий пакет), который поддерживался тремя координаторами: Нейтом Уильямсом (Nate Williams), Родом Граймсом (Rod Grimes) и Джорданом К. Хаббардом (Jordan K. Hubbard). Основной их задачей в тот момент был выпуск промежуточной версии 386BSD с целью устранения проблем, существующих в системе, которые невозможно было решить при помощи самого пакета. Изначальным названием для того проекта было "386BSD 0.5" или "386BSD Interim". Фактически владельцем системы 386BSD был Билл Джолитц (Bill Jolitz). В силу того, что в ней накопилось большое множество нерешенных проблем, размеры корректирующего пакета просто пугали. В качестве решения сложившейся ситуации Джолитцу и была предложена выше упомянутая "вычищенная" версия системы. Однако, вместо того чтобы хоть что-то предпринять, Джолитц просто отказался от дальнейшей поддержки проекта без какой бы то ни было аргументации и указаний.

В сложившейся ситуации нужно было что-то предпринять и группа быстро решила продолжить проект уже без Джолитца, дав проекту новое название FreeBSD, которое предложил Дэвид Гринман (David Greenman). С целью выяснения основных задач только что рожденного проекта были произведены консультации с пользователями системы-предшественника. Ситуация складывалась такой, что ощущалась определенная необходимость в существовании проекта, то есть у него было будущее. Исходя из этого Джордан Хаббард обратился в компанию Walnut Creek CDROM с целью создания дополнительного способа распространения ОС, кроме распространения посредством сети Интернет. Заинтересовавшись проектом, Walnut Creek CDROM не только поддержала идею о распространении FreeBSD на компакт-дисках, но, кроме того, предоставила для разработчиков компьютер и высокоскоростной доступ в Интернет, что послужило великолепным подспорьем к развитию проекта.

В декабре 1993 года была выпущена первая версия системы - FreeBSD 1.0. Базируясь на системе 4.3BSD-Lite, разработке Университета города Беркли, штат Калифорния, система включала в себя многие компоненты из 386BSD, а так же компоненты, предоставленные компанией Free Software Foundation. Система сразу добилась неплохих для начала успехов и в мае 1994 года была выпущена новая версия FreeBSD 1.1.

Примерно в этот момент закончилась продолжительная судебная тяжба между Калифорнийским университетом в Беркли и компанией Novell по поводу легального статуса 4.3BSD-Lite. Университет фактически проиграл процесс и был вынужден, по соглашению с Novell, отказаться от использования достаточно больших блоков кода, входящих в 4.3BSD-Lite, которые являлись еще наследием Bell Laboratories (AT&T) UNIX Version 6 и были недавно куплены Novell у компании AT&T. Понимая "драконовость" сделки, Novell не пошла на конфликт с университетом и решила компенсировать, созданные ей же самой неудобства для университета, заявлением, что когда будет выпущена версия 4.4BSD-Lite, Novell не будет претендовать на нее, а наоборот будет поощрять пользователей к переходу с 4.3BSD-Lite на 4.4BSD-Lite. Для проекта FreeBSD эта тяжба вылилась в то, что, поскольку проект содержал наследованный код 4.3BSD-Lite, им разрешалось выпустить последнюю версию FreeBSD 1.1.5.1 и на этом свернуть работу.

Оказавшись фактически у разбитого корыта, группа принялась за почти невозможную задачу возрождения FreeBSD на базе незавершенной 4.4BSD-Lite. Основная трудность заключалась в том, что разработчики 4.4BSD-Lite все же были вынуждены удалить большое количество кода из юридических соображений. Поэтому 4.4BSD-Lite оказалась на столько облегченной (от англ. light - легкий, которое созвучно по произношению с lite), что представляла жалкое зрелище и еще более затрудняла перенос системы на платформу процессоров Intel. Таким образом, вплоть до декабря 1994, года проект занимался только своим переносом и лишь в январе 1995 года была выпущена новая версия FreeBSD 2.0. Несмотря на недостаточную обкатанность новой версии, она, тем не менее, добилась определенного успеха. Результатом продолжения работы над ней стал выпуск в июне 1995 года новой, значительно более надежной версии FreeBSD 2.0.5.

Изначально поставленная при разработке проекта цель на высококачественную поддержку коммуникаций, а также наследование в себе наиболее отработанной реализации стека TCP/IP, позволили, с выходом в августе 1996 года версии 2.1.5, получить заметное признание и популярность среди провайдеров Интернет (особенно у нас в России), а так же среди компаний, выпускающих коммерческие продукты. Конечной точкой развития ветви 2.1 стал выпуск в феврале 1997 года версии FreeBSD 2.1.7.1. Дальнейшими основными направлениями развития системы стали улучшение ее безопасности и исправление критических моментов, обнаруженных в ветви 2.1.

Еще до завершения ветви 2.1, в ноябре 1996 года была начата работа над преемственной ветвью 2.2. Первая полная версия FreeBSD 2.2 была выпущена 16 марта 1997 года. Дальнейшее развитие этой ветви продолжалось до конца 1998 года и завершилась выпуском FreeBSD 2.2.8 30 ноября.

Одновременно с продолжением работ над ветвью 2.2, в январе 1997 года была начата разработка ветви 3.0. В апреле 1997 года в разрабатываемую версию 3.0 была интегрирована поддержка SMP (Symmetric MultiProcessor - поддержка многопроцессорных систем). В январе 1998 года была модернизирована поддержка Plug-n-Play устройств, а 31 августа был осуществлен переход на улучшенный формат двоичных модулей - ELF. Сентябрь того же года отмечен включением интерпретатора языка программирования Perl5 в комплект стандартных компонент системы, а так же внедрением новой технологии работы со SCSI устройствами - CAM SCSI (Common Access Method SCSI - общий метод доступа SCSI). Выпуск версии FreeBSD 3.0 произошел 15 октября 1998 года. Ветвь 3.x завершилась выпуском версии 3.4 20 декабря 1999 года.

20 января 1999 года была начата разработка ветви 4.0, релиз которой был выпущен 13 марта 2000 года.

Текущей версией является FreeBSD-4.5-STABLE.